S.E. Mons. Giacomo Palombella, attento alle istanze dei nuovi tempi, istituì a Matera una Scuola di Teologia per Laici e affidò l’insegnamento ai Padri Domenicani di Bari.
Successivamente, S.E. Mons. Michele Giordano, allora Arcivescovo di Matera-Irsina, provvide alla ristrutturazione della Scuola, ampliando i programmi e aumentando le ore di lezione. Desiderava, infatti, preparare operatori pastorali più consapevoli e più responsabili.
L’Arcivescovo, d’intesa con il Presidente della CEB (Conferenza Episcopale di Basilicata), Mons. Giuseppe Vairo, ristrutturò ancora la Scuola di Teologia e chiese alla Congregazione per l’Educazione Cattolica l’erezione canonica come sezione distaccata dell’ISSR di Potenza.
La medesima Congregazione, con decreto del 24 novembre 1986 (n. 1117/86/4), concedeva la erezione accademica all’ISSR dell’Arcidiocesi di Matera e lo collegava all’ISSR di Potenza come sua Sezione distaccata.
Pertanto, la realtà dell’ISSR di Potenza si configurava come quella di un unico Centro accademico con una Sede centrale ed una Sezione distaccata a Matera.
La Pontificia Facoltà Teologica dell’Italia Meridionale ha sponsorizzato l’Istituto con delibera del Consiglio di Facoltà, in data 23 maggio 1989.
I rapporti tra la Facoltà e l’Istituto sono stati regolati dalla prima Convenzione quinquennale, il cui Atto è stato sottoscritto da ambedue le parti in data 5 luglio 1989.
La funzione principale dell’Istituto è stata di preparare culturalmente gli insegnanti di Religione Cattolica nelle scuole. Tuttavia, dall’inizio, un numero sempre maggiore di fedeli laici ha frequentato i corsi per conoscere ed approfondire i contenuti dottrinali della fede cristiana.
Questo percorso si è congiunto con quello della formazione culturale in preparazione ai ministeri e soprattutto al Diaconato permanente.
L’Istituto inoltre ha continuato a percorrere un cammino già iniziato, quello della formazione permanente degli animatori pastorali.
Successivamente, S.E. Mons. Salvatore Ligorio, Arcivescovo di Matera-Irsina, ha inoltrato la richiesta alla Congregazione per l’Educazione Cattolica per l’erezione accademica in base al riordino previsto per la formazione teologica in Italia come Istituto Superiore di Scienze Religiose autonomo.
La medesima Congregazione, con decreto del 26 ottobre 2007 (n. 1349/2007), concedeva la erezione accademica all’ISSR dell’Arcidiocesi di Matera-Irsina con il titolo di “Mons. A. Pecci” per il rilascio della Laurea in Scienze Religiose (Baccalaureato in Scienze Religiose) e successivamente con decreto del 19 maggio 2010 consentiva il rilascio della Laurea Magistrale in Scienze Religiose (Licenza in Scienze Religiose).
La Pontificia Facoltà Teologica dell’Italia Meridionale ha sottoscritto la Convenzione con l’Istituto in data 19 giugno 2009.
L’Istituto è frequentato da studenti laici, anche aspiranti ai ministeri, religiose, provenienti dalle diocesi della Basilicata e di alcune della Puglia (Castellaneta e Gravina-Altamura).